A agenda científica da IA está composta por Áreas Focais, identificadas pelo Comitê Técnico do Consórcio e validadas através de consultas participativas realizadas em workshops sub-regionais nos países membros da IA. A agenda científica atualmente está sendo formulada com maior detalhe e permitirá desenvolver um portifólio de projetos que estabelecerão resultados e atividades concretas com a participação dos centros nacionais e internacionais de pesquisa agrícola e as instituições associadas locais.
As áreas focais se expressam através das seguintes hipóteses de pesquisa: